Nhằm giúp Chính phủ Việt Nam phát triển mạng lưới quốc gia các khu bảo tồn biển riêng biệt, Cơ quan Hỗ trợ Phát triển Quốc tế của Đan Mạch (DANIDA) đã cam kết tài trợ 2,7 triệu USD để thực hiện Dự án Hỗ trợ mạng lưới các khu bảo tồn biển. Lễ ký kết hỗ trợ Dự án được diễn ra vào 12/ 2003 tại Hà Nội giữa đại diện Bộ Thủy sản, và ông Lar Mikkel Johannessen, Tham tán Ban hợp tác phát triển, Đại sứ quán Đan Mạch. Có 15 khu bảo tồn biển dọc bờ biển Việt Nam đã được lựa chọn vào danh sách của mạng lưới. Khu bảo tồn biển Hòn Mun ở Khánh Hòa đã nhận được sự hỗ trợ về mặt quản lý từ một dự án thí điểm do Quỹ Môi trường Toàn cầu và DANIDA hỗ trợ.

Dự án Hỗ trợ mạng lưới các khu bảo tồn biển gồm hai tiểu dự án. Tiểu dự án thứ nhất được thực hiện tại Hà Nội nhằm thiết lập một hệ thống nhất quán các khu bảo tồn biển trên khắp Việt Nam và tạo dựng khung chính sách, pháp luật cho việc quản lý các khu bảo tồn. Tiểu dự án thứ hai được thực hiện tại khu vực Quảng Nam, trong đó có việc hỗ trợ phát triển một hệ thống quản lý khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm, góp phầm giảm bớt nghèo đói của hơn 3.000 người dân trên cù lao này. Ngoài ra, bốn điểm ưu tiên trong mạng lưới các khu bảo tồn biển sẽ nhận được sự hỗ trợ qui hoạch quản lý từ dự án.

Là một trong những trung tâm đa dạng sinh học biển của thế giới. Biển Việt Nam có thế mạnh đặc trưng về sự phong phú và đa dạng của các hệ sinh thái và nguồn lợi sinh vật biển. Việc thiết lập một Hệ thống các khu bảo tồn biển không chỉ góp phần bảo đảm cân bằng sinh thái vùng biển, bảo vệ đa dạng sinh học, điều hòa môi trường, mà còn có ý nghĩa to lớn đối với phát triển kinh tế bền vững, đối với nghiên cứu khoa học, giáo dục cộng đồng, thể dục thể thao giải trí, du lịch sinh thái.